Η Έλλη Πελεκανίδου γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη το 1948 και το 1973 αποφοίτησε από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Κατά τα έτη 1986-1987 με την υποτροφία H. von Herder παρακολούθησε μεταπτυχιακά μαθήματα στο Πανεπιστήμιο της Βιέννης, με καθηγητές τους O.Demus και H.Buschhausen. Από το 1969 έως το 1980 εργάστηκε στην ανασκαφή των Φιλίππων υπό τον καθηγητή Στυλιανό Πελεκανίδη, ενώ από το 1975 είχε τη γενική ευθύνη της ανασκαφής. Μετά το θάνατο του Στ.Πελεκανίδη (1980) υπήρξε μέλος της ομάδας συνεργατών που ανέλαβε τη συνέχιση και δημοσίευση της ανασκαφής. Παράλληλα, το διάστημα 1971 -1975 εργάστηκε ως αρχαιολόγος στη ΙΣΤ ΕΠΚΑ και την 9η ΕΒΑ.
Το 1975 διορίστηκε ως βοηθός ερευνήτρια στο Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών της Φιλοσοφικής Σχολής του ΑΠΘ, θέση στην οποία παρέμεινε έως το 1991. Το 1991 μετατάχθηκε στην 9η ΕΒΑ, όπου είχε την ευθύνη για τη διενέργεια διαφόρων ανασκαφών της πόλης της Θεσσαλονίκης, ενώ από το 1998 εργαζόταν στο Μουσείο Βυζαντινού Πολιτισμού. Το συγγραφικό της έργο αφορά κατά μεγάλο μέρος την ανασκαφή των Φιλίππων. Συνεργάστηκε με την Π.Ασημακοπούλου Ατζακά για την έκδοση «Σύνταγμα των παλαιοχριστιανικών δαπέδων της Ελλάδας, ενώ τα πορίσματα των ανασκαφών που διενήργησε μετά το 1991 δημοσιεύθηκαν στο Αρχαιολογικό Δελτίο, στο Αρχαιολογικό έργο στη Μακεδονία και τη Θράκη, καθώς και στο περιοδικό του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού.
