O Ιωάννης Παπαμαστοράκης έλαβε το Διδακτορικό του δίπλωμα (Ph.D.) στην Παρατηρησιακή Αστροφυσική, από το Techniche Universitat Munchen (Γερμανία) το 1975. Στο Πανεπιστήμιο Κρήτης δίδαξε αρχικά ως επίκουρος καθηγητής το 1985. Στη συνέχεια εξελίχθηκε σε αναπληρωτή καθηγητή το 1990 και εξελέγη στην βαθμίδα του καθηγητή το 2005. Συνταξιοδοτήθηκε και εξελέγη ομότιμος καθηγητής του Τμήματος Φυσικής το 2009. Υπήρξε ο ιδρυτής και Διευθυντής του Αστεροσκοπείου Σκίνακα, από το 1985 έως τη συνταξιοδότησή του. Από το 2001 είναι ο Πρόεδρος της συντονιστικής επιτροπής των “Onassis Foundation Science Lecture Series”, οι οποίες οργανώνονται κάθε Ιούλιο στις εγκαταστάσεις του ΙΤΕ στο Ηράκλειο.
