Ο Γιάννης Παπαθεοδώρου γεννήθηκε στην Πάτρα, το 1970. Αποφοίτησε από το Τμήμα Φιλολογίας του ΕΚΠΑ και, στη συνέχεια, ολοκλήρωσε, στο ίδιο τμήμα και με βαθμό «Άριστα», τη διδακτορική του διατριβή για την ετερολογία στις «Ακυβέρνητες Πολιτείες» του Στρατή Τσίρκα. Έχει λάβει υποτροφία από το Κέντρο Μεσογειακής Κουλτούρας (Πανεπιστήμιο του Τελ Αβίβ) ενώ με υποτροφία του ΙΚΥ ολοκλήρωσε και τη μετα-διδακτορική του έρευνα γύρω από ζητήματα της καβαφικής κριτικής (ΑΠΘ, Τομέας Γενικής και Συγκριτικής Γραμματολογίας, Τμήμα Φιλολογίας). Από το 2019, είναι Αναπληρωτής Καθηγητής Νεοελληνικής Φιλολογίας στη Σχολή Ανθρωπιστικών και Κοινωνικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Πατρών. Έχει επίσης διδάξει Νεοελληνική Φιλολογία στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας (2001-2005), στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων (2006-2019) και στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο (2005-2020).
Έχει συνεργαστεί σε ερευνητικά προγράμματα του ΕΙΕ, του ΕΚΚΕ, του ΕΚΕΒΙ, του Πανεπιστημίου της Κρήτης, του ΕΛΙΑ, καθώς και των ΑΣΚΙ. Η επιστημονική του αρθρογραφία, εκτός από το έργο του Στρατή Τσίρκα, αφορά το έργο νεοελλήνων λογοτεχνών του 19ου και του 20ού αιώνα (Σούτσος, Καλλιγάς, Βικέλας, Βαλαωρίτης, Ροίδης, Καβάφης, Σεφέρης, Θεοτοκάς, Κοτζιάς, Μπακόλας, Καραγάτσης), καθώς και ζητήματα της νεοελληνικής κριτικής. Άρθρα του έχουν δημοσιευτεί στα περιοδικά “Νέα Εστία”, “Μνήμων”,” Αρχειοτάξιο”, “Ο Πολίτης”, “Εντευκτήριο”, “Ποίηση”, “Πορφύρας”, σε συλλογικούς τόμους και επιστημονικές επετηρίδες. Είναι μέλος των ΑΣΚΙ, της ΕΜΝΕ Μνήμων και του περιοδικού Ηistorein. Έχει δημοσιεύσει άρθρα και επιφυλλίδες στην “Ελευθεροτυπία”, στα “Νέα”, στην “Αυγή”, στην “Καθημερινή” και στο “Βήμα”.