Πρωτότοκος γιος του Ιωάννη Κ. Σφακιανάκη και της Μαρίας Καλοκαιρινού, ο Κωνσταντίνος Ι. Σφακιανάκης γεννήθηκετο 1890 στο Ηράκλειο της Κρήτης.
Σπούδασενομικά, αστρονομία, μαθηματικά, μουσική σύνθεση και πιάνο στη Λωζάννη, στο Μόναχο, στη Γενεύη και στη Λειψία, όπου συνέδεσε τις μουσικές του σπουδές με τη διδασκαλία του Hugo Riemann (1849-1919), ηγετική μορφή της μουσικολογικής ακαδημαϊκής κοινότητας στα τέλη του 19ου αιώνα.
Επέστρεψε στην Ελλάδα, πιθανότατα μεταξύ του 1919 και 1920 και για τα επόμενα τριάντα περίπου χρόνια (1920 περ.-1946) ασχολήθηκε αποκλειστικά με τη μουσική. Δίδαξε στο Ωδείο Εθνικής Μουσικής του Κωνσταντίνου Ψάχου, ίδρυσε και διηύθυνε το Βενιζέλειο Ωδείο στα Χανιά, δίδαξε στοιχεία “ευρωπαϊκής μουσικής” στο Ελληνικό Ωδείο στην Αθήνα, ίδρυμα του οποίου αργότερα διετέλεσε Διευθυντής Σπουδών και Καλλιτεχνικός Διευθυντής και ίδρυσε το Ελληνικό Ωδείο στην Αμμόχωστο της Κύπρου.
Στενοί του φίλοιυπήρξαν ο Γιάννης Κλ. Ζερβός, ο Λευτέρης Αλεξίου, ο Βάσος Κλ. Δασκαλάκης, ο Άγγελος Σικελιανός, ο Αιμίλιος Ριάδης, ο Δημήτρης Μητρόπουλος, η Έλλη Αλεξίου, ο Κώστας Ελευθερουδάκης και ο Νίκος Καζαντζάκης.
Ο Κωνσταντίνος Ι. Σφακιανάκης πέθανε στις 4 Φεβρουαρίου του 1946 στην Αθήνα, αφήνοντας πίσω του κάποια από τα έργα του, άλλα καθαρογραμμένα και άλλα σε μορφή πρόχειρων χειρογράφων, διάφορα έγγραφα ληξιαρχείου, μουσικών και λοιπών σπουδών και το προσωπικό του ημερολόγιο. Το σώμα των γραπτών πηγών από το οποίο θα μπορούσε κανείς να διασταυρώσει ιστορικά στοιχεία για το συνθέτη και να αντλήσει υλικό για τη μελέτη της μουσικής και της συνθετικής του πορείας, παραμένει στο μεγαλύτερό του μέρος χαμένο.
