Η Μαρία Πιπιλή γεννήθηκε στην Αθήνα το 1955. Σπούδασε ιστορία και αρχαιολογία στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών (1973-1977) και έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στην κλασική αρχαιολογία στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης όπου έλαβε μεταπτυχιακό δίπλωμα Master’s (1980) και διδακτορικό δίπλωμα (1982). Θέμα διδακτορικής διατριβής: Laconian Iconography of the Sixth Century B.C. (επόπτης καθηγ. John Boardman). Εργάσθηκε ως έκτακτη επιστημονική βοηθός στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο (1978), ως ερευνήτρια στο Αρχείο Beazley του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης (1984-1985) και από το 1985 ως ερευνήτρια στο Κέντρο Ερεύνης της Αρχαιότητος της Ακαδημίας Αθηνών, όπου ήταν υπεύθυνη μεταξύ άλλων για το διεθνές πρόγραμμα Corpus Vasorum Antiquorum. Διετέλεσε Διευθύνουσα του Κ.Ε.Α από το 1989 έως το 1994 και Διευθύντρια από το 1994 έως την αποχώρησή της από την ενεργό υπηρεσία το 2012.
