H Μαρία Βακονδίου σπούδασε Ιστορία και Αρχαιολογία στο Πανεπιστήμιο Κρήτης (1998-2003) και συνέχισε τις μεταπτυχιακές της σπουδές στο ίδιο Πανεπιστήμιο. Το 2018 υποστήριξε την διδακτορική διατριβή της με θέμα Λιθοξόοι και γλύπτες στη βενετική Κρήτη. Από το 2003 συμμετέχει σε ερευνητικά προγράμματα του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών.
