O Nικόλαος Σταμπολίδης αποφοίτησε με άριστα από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Έκανε μεταπτυχιακές σπουδές Πανεπιστήμιο της Βόννης (1975-1978) και εκπόνησε διδακτορική διατριβή σχετικά με την ελληνιστική πλαστική και αρχιτεκτονική (με τίτλο «Ο βωμός του Διονύσου στην Κω») στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, από όπου το 1982 του απονεμήθηκε Διδακτορικό Δίπλωμα στην Αρχαιολογία με άριστα.
Από το 1984, που εκλέγεται λέκτορας, διδάσκει στο Τμήμα Ιστορίας-Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης. Το 1987 εξελέγη Επίκουρος Καθηγητής, το 1990 Αναπληρωτής Καθηγητής και το 1994 Τακτικός Καθηγητής. Έχει διατελέσει Πρόεδρος του Τμήματος Ιστορίας-Αρχαιολογίας (1991-1993), Κοσμήτορας της Φιλοσοφικής Σχολής (1994-1997) και συνδιευθυντής του Προγράμματος μεταπτυχιακών Σπουδών «Ο Αρχαίος Ελληνικός Κόσμος» και Διευθυντής από το 2005 κ.εξ.
Από το 1996 είναι συγχρόνως και Διευθυντής του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης. Έχει οργανώσει και επιμεληθεί πολλές μεγάλες αρχαιολογικές εκθέσεις, όπως Η Πόλη κάτω απο την Πόλη (2000), ΠΛΟΕΣ… Από τη Σιδώνα στη Χουέλβα. Σχέσεις λαών της Μεσογείου 16ος-6ος αι. π.Χ. (2003), ΜΕΓΑΛΗ ΕΛΛΑΣ: Αθλητισμός και Ολυμπισμός στην περιφέρεια του ελληνικού κόσμου, Κάτω Ιταλία και Σικελία (2004), Ελευθέρνα Πόλη – Ακρόπολη – Νεκρόπολη (2004/5), ΕΡΩΣ (2009). Επίσης έχει επιμεληθεί την έκθεση «Αριστουργήματα του Κυκλαδικού Πολιτισμού» που διοργανώθηκε στη Ρώμη το 2006 και στο Πεκίνο το 2008 καθώς και την έκθεση «Ανατολική Μεσόγειος, 16ος-6ος αι. π.Χ.», που διοργανώθηκε στο Ηράκλειο το 1998 και στη Ρώμη το 2001.
Έχει ανασκάψει στην Βεργίνα, την Άκανθο της Χαλκιδικής, τη Ρόδο και την Κρήτη. Από το 1985 πραγματοποιεί συστηματικές ανασκαφικές έρευνες στην αρχαία Ελεύθερνα Κρήτης, στον Δυτικό Τομέα ΙΙΙ.
Έχει διοργανώσει σειρά Διεθνών Αρχαιολογικών Συνεδρίων και Συμποσίων και έχει εκδώσει, ορισμένες φορές και με άλλους συναδέλφους, τα πρακτικά τους.
