Ο Πρόδρομος Μαρδάκης διδάσκει ως Εργαστηριακό Διδακτικό Προσωπικό (ΕΔΙΠ) με γνωστικό αντικείμενο «Χωροταξία και Ανάπτυξη Αγροτικού χώρου» στο Τμήμα Μηχανικών, Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.
Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα καλύπτουν τους τομείς χωροταξίας, της χωρικής οργάνωσης και της ανάπτυξης της υπαίθρου, του στρατηγικού και επιχειρησιακού σχεδιασμού σε αυτές τις περιοχές, καθώς και την χωροταξία και ανάπτυξη των ορεινών περιοχών. Επίσης ασχολείται με την θεματική χαρτογραφία και την επεξεργασία χωρικών στατιστικών δεδομένων.
Έχει συμμετάσχει σε ερευνητικά προγράμματα και μελέτες χρηματοδοτούμενες από την ΕΕ καθώς και φορείς και οργανισμούς της Ελλάδας και της Κύπρου και έχει δημοσιεύσεις σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά, σε συνέδρια και ημερίδες.
