Ο Στέλιος Λυδάκης σπούδασε Ιστορία της Τέχνης και Αρχαιολογία στο Πανεπιστήμιο της Κολωνίας, όπου ανακηρύχθηκε διδάκτωρ με τη διατριβή: “Die greichische handschaft in der europaischen Malerei”. Ακολούθησε δίχρονη υποτροφία του Ιδρύματος Alexander von Humboldt.
Κυριότερα έργα: “Geschichte der griechischen Malerei des 19. Jhts.”, Munchen 1972· “Η εικονογραφία του μνημείου του Λυσικράτους”, Αρχαιολογικό Δελτίο 21 (1966), 163-183· “Ιστορία της νεοελληνικής ζωγραφικής”, Αθήνα 1977· “Λεξικό των Ελλήνων ζωγράφων και χαρακτών”, Αθήνα 1976· “Νεοελληνική γλυπτική, ιστορία, τυπολογία, λεξικό γλυπτών”, Αθήνα 1981· “Τα γλυπτά του Α΄ νεκροταφείου Αθηνών”, Αθήνα 1981· “Οι Έλληνες ναΐφ ζωγράφοι”, Αθήνα 1987· “Κωνσταντίνος Βολανάκης”, Αθήνα 1997· “Ανδρέας Γεωργιάδης”, Αθήνα 1999. Πλήθος άρθρων σε εφημερίδες και περιοδικά. Πολλές μονογραφίες καλλιτεχνών.
Είναι Ομότιμος Καθηγητής Ευρωπαϊκής Ιστορίας της Τέχνης, ΕΚΠΑ