Ο Δρ. Ζήσης Μελισσάκης είναι Κύριος Ερευνητής στο Ινστιτούτο Ιστορικών Ερευνών (Τομέα Βυζαντινών Ερευνών) του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών. Οι κυριότερες έρευνές του επικεντρώνονται σε μοναστηριακές βιβλιοθήκες, ιδίως του Αγίου Όρους και της Πάτμου, με αντικείμενα παλαιογραφικού, κωδικολογικού, αλλά και ιστορικού-αρχειακού ενδιαφέροντος. Οι βασικές τρέχουσες εργασίες του αφορούν στην καταλογογράφηση των χειρογράφων της Μονής Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου Πάτμου και χειρογράφων και παλαιτύπων της αθωνικής Μονής Ιβήρων. Έχει συμμετάσχει σε πολλά ελληνικά και διεθνή ερευνητικά προγράμματα με θέμα τον βυζαντινό και μεταβυζαντινό ελληνικό κώδικα. Από το 2002 έως σήμερα διδάσκει Ελληνική Παλαιογραφία στο Φροντιστήριο Ιστορικών Επιστημών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών και έχει δώσει σεμιναριακές διαλέξεις στο ίδιο γνωστικό αντικείμενο σε διάφορα ελληνικά πανεπιστήμια. Τα τελευταία χρόνια έχει οργανώσει δύο διεθνή θερινά σχολεία Ελληνικής Παλαιογραφίας και Βυζαντινής Επιγραφικής του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών στη Μονή της Πάτμου. Είναι επίσης συνεργαζόμενο ακαδημαϊκό προσωπικό στην Θεολογική Σχολή της Εκκλησίας της Κύπρου.