Σε ένα κείμενό του, που δημοσιεύτηκε το 1976, ο Φίλιππος Ηλιού σημείωνε: «Ο σημερινός ερευνητής, εκείνος ιδίως που ασχολείται με την ιστορία της Τουρκοκρατίας και του νεοελληνικού 19ου αιώνα, θα διασταυρωθεί, αναγκαστικά, με το έργο του Μανουήλ Ι. Γεδεών (1851-1943). Και θα μένει διαρκώς έκπληκτος όχι μόνο από την παραγωγικότητα του «άρχοντος» και «Μεγάλου Χαρτοφύλακος και Χρονογράφου της Μεγάλης Εκκλησίας, Υπομνηματογράφου της Εκκλησίας Ιεροσολύμων», αλλά, κυρίως, από την ιδιότυπη ποιότητα και, όπως θα λέγαμε σήμερα, από τον πρωτοποριακό χαρακτήρα των ζητήσεων και της προβληματικής του. Περισσότερα από 730 δημοσιεύματα εκτείνονται σε διάστημα που καλύπτει τα τρία τέταρτα ενός αιώνα: από τα 1870, όταν, σε ηλικία 19 ετών, πρωτοδημοσιεύει στην Πανδώρα και στην Ομόνοια του Βλάση Γαβριηλίδη, ως τα 1940/1, δύο χρόνια πριν από το θάνατό του, όταν διέκοψε τη συγγραφική του εργασία, «εμποδισμένος πιο πολύ από τις δυσκολίες των καιρών παρά από το πάθος των ματιών του». Μίλησα πρώτα για την έκταση της παραγωγής –περισσότερα από δέκα δημοσιεύματα το χρόνο επί εβδομήντα συνεχή χρόνια- κι υπάρχει, έτσι, κίνδυνος να αδικηθεί ένα έργο που τη σημασία του δεν την οφείλει μόνο στον όγκο του∙ δίπλα στον όγκο υπάρχει η πλούσια ποικιλία των θεμάτων που τον απασχόλησαν: 70 αναφέρονται στην ιστορία των πρώτων αιώνων της εκκλησίας και σε γενικά θέματα της εκκλησιαστικής παράδοσης και του θρησκευτικού βίου∙ 80 σε θέματα της βυζαντινής περιόδου∙ 148 σε διαχρονικά θέματα της Τουρκοκρατίας και επιπλέον, ειδικότερα: 35 στον 15ο – 16ο αιώνα, 48 στον 17ο, 154 στον 18ο (ως την Επανάσταση του 1821), 94 στον 19ο και 20ον αιώνα. Όλα αυτά στηριγμένα σε προωθημένες και λεπτομερειακές έρευνες των χειρογράφων και των έντυπων πηγών, τις οποίες ο Γεδεών ήξερε να πλουτίζει με στοιχεία αντλημένα από μια μακρά προφορική παράδοση∙ της τελευταίας αυτής συνέλαβε, πολύ νωρίς, τη σημασία και φρόντισε, όσο μπορούσε, να την απομνημονεύσει: σ’ αυτή την πλευρά του έργου του αναφέρονταν ο Κ. Θ. Δημαράς όταν αποκάλεσε παλιότερα τον Μανουήλ Γεδεών πηγή της νεώτερής μας ιστορίας. Με λίγες εξαιρέσεις, οι έρευνές του και τα έργα του είχαν για επίκεντρο την ιστορία της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας και την ιστορία της Παιδείας. Στο έργο του αυτό βοηθήθηκε και από το γεγονός ότι ο ίδιος έζησε, από πολύ νωρίς, μέσα στην καρδιά της Ανατολικής Ορθοδοξίας, στο Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης, όπου θητεύει, κανονικά, για ένα πολύ μεγάλο διάστημα. Βρέθηκε, έτσι, δίπλα στους θησαυρούς της χειρόγραφης και της προφορικής παράδοσης που φρόντισε να αξιοποιήσει εντατικά. Μια απλή αναδρομή στο πλούσιο έργο του επιτρέπει να συλλάβουμε τα πρώιμα ενδιαφέροντά του: μισθοί, τιμές, αλφαβητισμός, περιεχόμενο της διδασκαλίας (και όχι μόνο απαρίθμηση σχολείων και δασκάλων), μαθητικός πληθυσμός, πυκνότητα εκκλησιασμών, αφορισμοί, ετεροδιδασκαλίες, ιστορία του βιβλίου (που ερευνάται όχι μόνο από στενά βιβλιογραφική σκοπιά αλλά, κυρίως, σαν δείκτης παιδείας και συλλογικών στάσεων), θέση της γυναίκας και της οικογένειας, δημογραφία και θνησιμότητα, βιβλιοθήκες, συνδρομητές, κήρυγμα, είναι μερικά από τα θέματα που αυτός επισήμανε ή ανανέωσε: σήμερα βρίσκονται στο επίκεντρο των ενδιαφερόντων της ιστορικής έρευνας. Από την άποψη αυτή θα μπορούσε να υποστηριχτεί ότι για τον Μ. Γεδεών δεν υπήρχε μεγάλη και μικρή ιστορία, με την έννοια που έδιναν οι παλαιότεροι σ’ αυτούς τους όρους. Υπήρχε μια ενιαία ιστορία και προσπαθούσε, με τα μέσα που διέθετε, να ταιριάξει τις ψηφίδες της για να αποδώσει την ενότητά της. Πνεύμα συστηματικό, όπως τον δείχνουν τα έργα του, προσπαθούσε κάθε φορά –αδιάφορο αν εύστοχα ή όχι- να αποκαταστήσει ή να υποθέσει το γενικό, συγχρονικό ή διαχρονικό, πλαίσιο μέσα στο οποίο λειτούργησαν οι επιμέρους ενότητες ή, ακόμα, οι ελάχιστες μονάδες. Οδηγήθηκε έτσι, κινημένος ίσως κι από μια σωστή αίσθηση των όγκων και των αναλογιών, σε μια ιστορία που ενώ δεν παραμελεί τα όσα διαδραματίζονται στην επιφάνεια ή στις ανώτερες βαθμίδες της κοινωνικής ιεραρχίας, ταυτόχρονα ενδιαφέρεται για όσα συμβαίνουν κοντά στη βάση, εκεί που δρουν οι πολυαριθμότερες, ανώνυμες, ομάδες. Και από την άποψη αυτή το έργο του, προδρομικό, διασταυρώνεται με εντελώς σύγχρονές μας ζητήσεις».