Ιδιαιτέρως σημαντικός για τη «Β.Δ.Β.» είναι ο τομέας των εκδόσεων, στον οποίο έχει επιδείξει έντονη δραστηριότητα. Η εκδοτική της δραστηριότητα ξεκινά το 1985 με την έκδοση του φιλολογικο-ιστορικού περιοδικού «Παλίμψηστον», το οποίο ήδη έχει συμπληρώσει τα 38 τεύχη. Το εκδοτικό της έργο ξεπερνά τους 250 τίτλους και περιλαμβάνει βιβλία ιστορικά, φιλολογικά και λογοτεχνικά, κείμενα και μελέτες, βιβλία με πρωτογενείς πηγές, καθώς και καταλόγους εκθέσεων. Στόχος είναι οι εκδόσεις της να είναι προσιτές στους ερευνητές αλλά και ευρύτερα στους μορφωμένους αναγνώστες.